Производство автомобилей компанией началось в 1985 году, когда по лицензии Mitsubishi Motors был налажен выпуск модели Proton Saga, представлявшей собой перелицованный Mitsubishi Lancer образца 1983 года. Завод компании располагался в Шах Аламе, провинция Селангор. К 1989 году был выпущен 100000 Proton Saga. Первоначально автомобили собирались в Малайзии из импортных комплектующих, но постепенно происходила локализация производства.

Логотипом компании являлся полумесяц и четырнадцати конечная звезда. Только в конце 90-х годов Proton получил новый логотип в виде стилизованной головы тигра и надписи «Proton».

Первые 10 лет компания выпускала автомобили на основе моделей Mitsubishi. В 1996 году Proton приобретает контрольный пакет акций британской Lotus Cars. После чего инжиниринговое подразделение Lotus приступило к разработке автомобилей для выпуска на малазийских заводах. К этому процессу также был привлечён ряд сторонних компаний. Итогом этой работы стал седан Waja – первая модель самостоятельная разработка компании. В 2004 году была запущена в серию новая оригинальная модель GEN2 на заводе в Танчунг-Малим. Эта модель разрабатывалась в том числе и для европейского рынка.

3 августа 2008 года Proton выпустил свой 3-х миллионный автомобиль. Им стала модель Saga второго поколения.

В 2002 году в Малайзии Proton обладал рыночной долей в 60%. К 2005 году этот показатель сократился до 30%. Прогнозируется дальнейшее снижение доли компании на внутреннем рынке в связи со снижением импортных пошлин на автомобили в Малайзии.